Jaunimo linijos Valdyba nustato įstaigos misiją, viziją, ilgalaikius tikslus, vertybes, bei prižiūri jų įgyvendinimą, nustato įstaigos organizacinę struktūrą, tvirtina metinį biudžetą ir prižiūri jo įgyvendinimą, teikia dalininkams tvirtinti įstaigos direktoriaus kandidatūrą ir jo darbo sutarties sąlygas bei teikia tvirtinti direktoriaus atšaukimą iš pareigų, taip pat teikia dalininkams tvirtinti metines veiklos ir finansines ataskaitas bei auditoriaus ir audito įmonės kandidatūras. 

Valdybos posėdžiai vyksta kartą per mėnesį. 

Jaunimo linijos steigėjai ir valdybos nariai už savo darbą materialaus atlygio negauna.